國家“863計劃”現代農業技術領域在動植物功能基因組研究方面，利用“十五”建立的水稻功能基因組技術平臺，系統開展了水稻產量、品質、抗病抗逆、營養高效性狀的功能基因組研究，克隆驗證了一批具有重要應用價值的新基因和調控因子；應用芯片技術建立了水稻重要農藝性狀的全基因組表達譜；開展了比較基因組學研究，同時開展了第3、4染色體功能基因突變體的收集和系統鑒定；開展了小麥、玉米、棉花、油菜、大豆、花生、番茄等作物的功能基因組研究技術平臺的構建，對重要農藝性狀相關基因進行克隆驗證；建立了家蠶和家雞的功能基因組研究技術平臺，分離克隆了與家蠶絲蛋白質合成、性別決定、發育變態、分子免疫相關以及與雞的生長、品質、抗性、繁殖等重要經濟性狀相關的功能基因和調控因子。

在水稻、家蠶功能基因平臺建設和主要動植物功能基因發掘利用方面取得顯著的進展，為主要動植物的遺傳改良和新品種的培育提供了大量有利用價值的基因資源和分子育種材料。

申請國家發明專利54項，獲得專利授權17項；發表研究論文190篇，其中SCI收錄122篇；克隆新基因200多個；申報軟件著作權2項；培育和審定具有產業化前景的新品種9個，與企業合作產品研發3項；建立示范與產業化基地4個；培養研究生193人，其中博士96人。